妻の親の位牌を私の先祖の位牌と一緒に祀りたいのですが、宗派が違うものを一緒に祀ってもいいのでしょうか？

異なる宗派の位牌を仏壇に祀ってもいけないという決まりはありません。ご家族がそれでよければかまわないでしょう。今後の供養のこともありますので、奥さまの親戚や、供養をお願いしていくお寺とも相談してみてはいかがでしょうか。